Il 24 giugno 2010, l’UE ha siglato con il Ministero delle Finanze Giapponese un accordo sul mutuo riconoscimento dei rispettivi programmi AEO. Si tratta del 3° Accordo concluso sia dal Giappone (gli altri 2 sono stati realizzati con Nuova Zelanda, a maggio 2008 e con gli USA, a giugno 2009), che per l’UE (Svizzera e Norvegia, anche se è imminente la conclusione di un analogo accordo con il Canada). Le tipologie di certificazione coperte dal programma di mutuo riconoscimento sono unicamente quelle AEO-S (Security) ed AEO-F (“Full”, ossia: Security and Customs). La certificazione AEO-C non beneficia di alcun riconoscimento reciproco.